Anhand der Fehlermeldung allein kann man nichts genaues sagen, da müsstest du nachschauen, was für eine Datei unter dem Registrierungsschlüssel verzeichnet ist.
Registry-Cleaner beschweren sich immer dann, wenn ein Schlüssel oder Wert nicht lesbar, nicht beschreibbar, im Arbeitsspeicher inkonsistent ist oder ungültige Zeichen enthält.

Diese Situationen sind in diesem Fall alle möglich und auch relativ normal. Der In-Process-Server bindet für Anwendungssoftware Programmbibliotheken an die API an. Im Schlüssel CLASSES_ROOT/CLSID sind diese Bibliotheken aufgeführt, mit ihrem jeweiligen Pfad für den Inprocserver.
Es ist gut möglich, dass so ein Pfad von einer laufenden Anwendung gesperrt ist oder ungültige Zeichen ("embedded nulls") enthält. Das kann so gewollt sein, wenn die Bibliothek gegenüber der Anwendung authentifiziert werden muss. Das WindowsMedia-DRM-System oder der Adobe-Fash-Player 9 nutzen das und sind fast auf jedem System installiert.
Theoretisch könnte es eine Schadsoftware sein, es ist aber wie gesagt auch so ganz normal.

Ich rate ansonsten strikt ab, Registry-Cleaner zu verwenden. Es ist technisch nicht möglich, dadurch das System zu beschleunigen, und die Wahrscheinlichkeit sehr groß, etwas zu beschädigen.